Główną zaletą Pokemon Trozei jest moduł przygody, który sprawia, że gra nie jest monotonna i przyciąga na długie godziny. Wcielamy się w rolę Lucy Lightfoot - wysportowaną i modną dziewczynę, posiadającą zdolności tajnej agentki. Mimo że jest kobietą, jest niezwykle inteligentna i sprytna, znakomicie radzi sobie z każdym przeciwnikiem.
Lucy pracuje potajemnie dla Profesora P, który jest najlepszym agentem "Sekretnej Operacyjnej Ligi", w skrócie SOL. Profesor jest niezwykle doświadczonym agentem, znanym wynalazcą niezwykle szanowanym w Pokemonowym świecie.
Tak jak mówi imie SOL jest reprezentowany przez Pokemona Solrocka i jest sekretną ligą sprawiedliwości. Twoim celem w grze jest ocalenie Pokemonów, które zostały porwane przez złą armię Phobosów, której symbolem jest Lunatone.
W podróż wyruszamy razem z dwójką poke-partnerów: Aipomem i Manectric'iem, a także zaopatrzeni w Trozei Beamer ( urządzenie wynalezione przez Profesora, pomocne przy uwalnianiu Pokemonów ). Gdy zakradniemy się do kryjówki Phobosów i znajdziemy skradzione Pokeballe, wysyłamy je do Profesora przy użyciu Beamera. Gra wysyła 4 Pokemony naraz do profesora ( co łączy się z łaczeniem Pokemonów w czwórki podczas układania Puzzli ).
Mamy do czynienia z wieloma generałami w grze:
- Generał Buzz
- Generał Avery
- Generał Aqua Leila
- Generał Grock
- Ban-Booram
