Podobnie jak w innych grach Pokemon, tak i tutaj mamy do czynienia z Pokedexem. Jednym z celów gry jest skompletowanie go. W Trozei jest numeracja ustawiona jest według National Dexa tzn. od Bulbasaura do Deoxysa. Wybieramy Pokemona na dolnym ekranie, na górnym pokazują się jego informacje. W grze występuje ponad 380 Pokemonów, wszystkie możemy złapać. Aby tego dokonać, należy ułożyć linijke z danego Pokemona w puzzlach, wtedy po wysłaniu go do Profesora P. zostaje on dodany do naszego Pokedexa.
Niektóre Pokemony ( np. legendarne ) są bardzo trudne do złapania. Trzeba dużo szukać, aby znaleść brakującego stworka. Jedną z metod na ułatwienie sobie zadania możecie znaleść tutaj.