Przeszkadzajki (disruptions) to różne elementy znajdujące się już na planszy lub wysyłane na nią przez przeciwnika, które wytrącają nas z rytmu gry, utrudniają nam przejście planszy lub blokują powstawanie reakcji łańcuchowych (combosów). Ich pozbycie się często jest trudnym zadaniem i wymaga poświęcenia wielu ruchów lub stosunkowo dużej ilości czasu. Poniżej przedstawiamy wszystkie rodzaje przeszkadzajek występujących w Pokémon Shuffle, wraz ze wskazówkami w jaki sposób najłatwiej się ich pozbyć.
Wrogie Pokémony
Najczęściej są to stworki tego samego gatunku, co nasz przeciwnik, stworki słabe albo typu, który nie jest w danym przypadku zbytnio efektywny. Najlepiej po prostu spróbować jak najszybciej pozbyć się tych Pokémonów łącząc je ze sobą, aby dodatkowy rodzaj elementu nie przeszkadzał spadającym stworkom w łączeniu się z innymi przedstawicielami swoich gatunków.
Skały
Skały (breakable rocks) to elementy, których nie możemy przesuwać, ale spadają swobodnie razem z innymi elementami planszy. Znikają po połączeniu ze sobą Pokémonów sąsiadujących z nimi. Podobnie zachowują się skały za barierą, z tą różnicą, że nie spadają, tylko zostają w jednym miejscu do czasu ich rozbicia. W usuwaniu skał pomoże nam zdolność Rock Break (rozbijanie skał) lub Swap (zamiana) oraz Mega Aerodactyl i Mega Steelix.
Metalowe klocki
Metalowe klocki (unbreakable metal blocks), podobnie jak skały, spadają swobodnie (poza tymi za barierami), ale ich pozbycie się z planszy nie jest już takim prostym zadaniem - prawie nic z nimi nie zrobimy, ale same znikają po wykonaniu pięciu ruchów. Aby zlikwidować je wcześniej, możemy wykorzystać zdolność Block Smash (miażdżenie klocków) lub Swap (zamiana) oraz, tak jak w przypadku skał, Mega Aerodactyla.
Bariery
Bariery (barriers) blokują spadanie Pokémonów i innych elementów planszy, a także uniemożliwiają ich przesuwanie. Sposobem na pozbycie się barier jest połączenie stworka znajdującego się za barierą z Pokémonem tego samego gatunku. Pokémon taki nie zniknie z planszy, ale nie będzie już dłużej blokowany. Klocków i skał za barierami można się pozbyć w ten sam sposób, co klocków i skał przez nic nieblokowanych. Bariery można też wyeliminować przy pomocy zdolności Barrier Bash (rozbijanie barier).
Chmury
Pokémony za chmurami (clouds) możemy swobodnie przesuwać, ale są one prawie w ogóle niewidoczne. Widzimy tylko ich wystające fragmenty, ich sylwetki pojawiają się nam też na chwile, kiedy je przesuwamy. Chmur możemy się pozbyć tylko na dwa sposoby - przy pomocy zdolności Cloud Clear (rozchmurzanie) oraz specjalnych umiejętności mega ewolucji - usuwając Pokémony i inne elementy z planszy, pozbywają się one też chmur.
Monety
Monety (coins) to najprzyjemniejsza przeszkadzajka, która jedyne, co złego może zrobić, to tak nas rozproszyć, że zapomnimy o ukończeniu planszy. Można je swobodnie przesuwać i łączyć, a po pokonaniu planszy otrzymamy je w nagrodę. Połączenie ze sobą 3 monet na planszy da nam 100 "prawdziwych" monet do wydania w grze, za 4 połączone monety otrzymamy ich 300, za 5 - 500, a za 6 - 700. Uważajmy jednak, bo możemy się ich przypadkiem pozbyć przy pomocy zdolności Swap (zamiana). Monety są niestety bardzo rzadkie - występują tylko na planszy 37 (Meowth) oraz na planszach specjalnych.