Główne legendy - Lugia i Ho-oh
Lugia to tytułowy srebrny Pokemon. W grze SoulSilver, możemy ją złapać po pokonaniu Clair w mieście Blackthorn. Dodatkowo, musimy posiadać
Silver Wing, który otrzymujemy od dyrektora Radio Tower w Goldenrod po pokonaniu Team Rocket oraz po wygraniu z Kimono Girls. Ten legendarny Pokemon znajduje
się na Whirl Islands, na końcu wodospadu. Lugia jest w tej części gry na 45 poziomie i posiada ataki
takie jak; Extrasensory, Rain Dance, Hydro Pump, AeroBlast.Jeśli gramy w HeartGold, Lugia znajduje się również w tym samym miejscu (Whirl Islands), lecz na poziomie 70. Wymagany jest do jej zdobycia
Silver Wing, który w tej części gry otrzymamy w Pewter City.
 Lugia Poziom 45 | SoulSilver |
Ataki:
|
| Lugia Poziom 70 | HeartGold |
Ataki:
|
Rainbow Wing od dyrektora Radio Tower w Goldenrod. Kimono Girls na szczycie Bell Tower, przywołają go do walki. W HeartGold będzie na 45
poziomie.Jeśli gramy w Soul Silver, Ho-oha zdobędziemy również na szczycie Bell Tower, po otrzymaniu
Rainbow
Wing od osoby w Pewter City. W tej części, feniks będzie na poziomie 70.
Ho-oh Poziom 45 | HeartGold trzyma  Sacred Ash |
Ataki:
|
| Ho-oh Poziom 70 | SoulSilver trzyma Sacred Ash
|
Ataki:
|
Legendane Psy
Podobnie jak w pierwowzorach, spotkamy w grze legendarne psy - Enteia, Raikou i Suicune'a. O tyle, co sposób schwytania się nie zmienił tych dwóch pierwszych, które losowo można spotkać w trawie w regionie Johto, tak sposób chwytania tego ostatniego znacznie uległ zmianie.Po obudzeniu trzech psów w Burnt Tower, na konkretnych lokacjach, będziemy spotykali Suicune'a. Pierwsze spotkanie będzie miało w północnej części miasta Cianwood. Kolejne, przy środkowym wejściu do Mt. Mortar na drodze 42. Gdy opuścimy Johto i wybierzemy się w pierwszy rejs statkiem do Kanto, po opuszczeniu pokładu, znów go spotkamy. Przedostatnie spotkanie będzie miało miejsce na drodze numer 14. Po tym, będziemy mogli już złapać Suicune, który przemieścił się na drogę 25, na wschodnim wzgórzu, obok domu Billa (po tym, jak Misty wróci do swojego Gymu), ten legendarny pies będzie chciał z Nami stoczyć walkę na 40 poziomie.
Jeśli go tym razem nie złapiemy, drugą szansę mamy w Burnt Tower, gdy pokonamy Elitarną Czwórkę.
Raikou Poziom 40 | Losowo w trawie w Johto | Ataki:
|
Entei Poziom 40 | Losowo w trawie w Johto | Ataki:
|
Suicune Poziom 40 | Droga 25 | Ataki:
|
Legendarne Ptaki
W grze możemy zdobyć znane nam z pierwszych części Pokemonów legendarne ptaki - Articuno, Zapdosa i Moltresa. Wszystkie po zdobyciu 16 odznak i 50 poziomie. Articuno znajduje się w Seafoam Islands. Zapdos przed elektrownią na drodze 10, a Moltres w Silver Cave. Articuno Poziom 50 | Seafoam Islands | Ataki:
|
Zapdos Poziom 50 | Droga 10 | Ataki:
|
Moltres Poziom 50 | Silver Cave | Ataki:
|
Mewtwo
Także tego zmodifikowanego genetycznie Pokemona jesteśmy w stanie zdobyć. Tak jak w Pokemon Red/Blue, Mewtwo jest w Cerulean Cave na 70 poziomie. Mewtwo Poziom 70 | Cerulean Cave | Ataki:
|
Kyorge i Groudon
Po otrzymaniu jednego ze starterów z regionu Kanto od profesora Oaka, jeśli odwiedzimy Mr. Pokemon (droga 30), otrzymamy od niego
Blue Orb (w wersji HeartGold) lub 
Red Orb (SoulSilver). Po tej
czynności, gdy udamy się do jaskini na drodze 47 (Embedded Tower) będziemy mieli okazję złapać
Kyorge'a (HeartGold) lub Groudona (SoulSilver). Obie legendy są na 50 poziomie.
Kyorge Poziom 50 | HeartGold | Ataki:
|
Groudon Poziom 50 | SoulSilver | Ataki:
|
Rayquaza
Mamy możliwość do zdobycia również Rayquazę. Aby tego dokonać musimy pokazać profesorowi Oakowi Groudona i Kyorge'a (jednego z nich musimy zdobyć poprzez wymianę). Wtedy da on nam
Jade Orb, który
umożliwi spotkanie Rayquazy w Embedded Tower (droga 47) na poziomie 50.
Rayquaza Poziom 50 | HeartGold/SoulSilver | Ataki:
|
Dialga, Palkia, Giratina
Jeśli posiadamy eventowego Arceusa z okazji premiery filmu 12, ustawmy go na pierwsze miejsce w party i udajmy się do Sinjoh Ruins. Spotkamy tam Cynthię, która powie nam, że Arceus ma zdolność do stworzenia niektórych Pokemonów. Są to Dialga, Palkia i Giratina. Możemy wybrać jednego z tych Pokemonów, na 1 poziomie. Dialga Poziom 1 |
trzyma  Adamant Orb |
Ataki:
|
Palkia Poziom 1 |
trzyma  Lustrous Orb |
Ataki:
|
Giratina Poziom 1 |
trzyma  Griseous Orb |
Ataki:
|
Latias i Latios
Po otrzymaniu National Pokedex, w klubie Pokemon w mieście Vermilion, Steven Stone powie, że Latias (HeartGold) lub Latios (SoulSilver) pojawia się w losowych miejscach w regionie Kanto. Może spotkać Pokemona na 35 poziomie. Latios Poziom 40 | HeartGold | Ataki:
|
Latias Poziom 40 | SoulSilver | Ataki:
|
Enigma Stone, zabieramy przedmiot do Muzeum w
Pewter City. Gdy tam będziemy, Steven opowie nam o tym, że dzięki temu specjalnemu itemowi, mamy
możliwość spotkać Latiasa (HeartGold) lub Latiosa (SoulSilver) od razu po wyjściu z muzeum. W ten
sposób Pokemon będzie na poziomie 40.
| Latias Poziom 35 | HeartGold | Ataki:
|
| Latios Poziom 35 | SoulSilver | Ataki:
|