Seria Yellow zaczyna się po dwóch latach od wygranej Reda w Zawodach Ligi Pokemon. Red wyrusza, aby stoczyć walkę z wyzywającym go Bruno i znika bez śladu. Po miesiącu do laboratorium Profesora Oaka przybywa rany Pika. Wkrótce potem pojawia się nasz główny bohater, Yellow, który twierdzi, że zna Reda i chce go odnaleźć razem z Pika. Yellow, dzięki swoim umiejętnościom czytania w myślach Pokemonów oraz mocy uzdrawiania dostaje pozwolenie od profesora na poszukiwania i otrzymuje od niego Pokedex Reda. Podczas swojej podróży Yellow musi stawiać czoło Elitarnej Czwórce oraz podprzywódcom Zespołu Rocket – Sabrinie, Porucznikowi Surge'owi i Kodze.