Po sukcesie filmu 1 "Mewtwo kontra Mew" nakręcono jego drugą część a mianowicie tytule "Mewtwo Powraca" . Film niestety nie został puszczony w Polskich kinach ale jest dostępny na kasetach VHS. Fabuła filmu mówi o tym jak Mewtwo wraz z klonami po walce z Mew i Ashem zatarł ślady swojego istnienia i ukrył się w pięknej krainie Johto mlekiem i miodem płynącej. Pamiętał o nim tylko przebiegły twórca Mewtwo: Giovanii!!! Pragnie on jeszcze raz odnaleźć Mewtwo. Akcja filmu zaczyna się gdy Ash i przyjaciele śpieszą się na autobus do kanionu Johto. Niestety (jak zwykle) nie zdążają ale poznają małą dziewczynkę o imieniu Lana. Wkrótce dowiadujemy się że autobus którym mieli jechać już miał się rozbić gdy nagle zauważył to Mewtwo i uratował wielu ludzi. Luna zaprosiła Asha i spółkę do siebie do domu. Cała paczka smakuje się smakiem wody źródlanej. Dziewczynka proponuje im, aby popłynęli rzeką do kanionu Johto. Wszystkim podoba się ten pomysł, ale zauważając robaki szybko wracają do domu (Wiecie, kto najbardziej się bał robaków, Misty). Luna opowiada im jak niebezpieczne są góry, ponieważ panuje tam zmienna pogoda i raczej góry są niedostępne. Ale mała mówi, że tam jest również piękne, krystaliczne jezioro. Nagle ktoś puka do drzwi. To dwie osoby: Calen i Domino podające się za badaczy jak bardzo krystaliczna jest woda. Nagle pojawia się znana z serialu trójka: Jessie, James i Miał i porywają Pikachu!!! Biorą balon i lecą na szczyt góry. Jedynym ratunkiem jest wspinaczka!!! Nasi przyjaciele wspinają się, gdy balon Zespołu R wpada w wichurę zaczepia o jedną z lin i wszyscy lądują na środku jeziora oprócz Zespołu, który ląduje na małej wyspie. Domino przez lornetkę dojrzewa na wyspie Mewtwo i dzwoni do szefa Zespołu R - Giovaniego!!! Wszyscy są zaskoczeni, że tak miła dziewczyna jest złą służką zespołu R! Domino odlatuje zostawiając wszystkich na środku Jeziora. Ash i spółka płyną po wyspie a Pikachu szybko się wyswobodził ze szpon zespołu R atakiem ThunderBolt!!! Lecz nagle pojawia się drugi Pikachu klon Pokemona Asha znany z 1 filmu!!! Jest wściekły i mówi, że nikt nie będzie psuł spokoju normalnie i cicho żyjącym klonom. W końcu rzuca się, na Pokemona Asha! Jednak powstrzymuje go Mewtwo mówiąc, że oni (klony) nigdy nie będą u siebie i nie będą nigdy bezpieczne. Mewtwo spodziewa się ludzi i nowego zagrożenia w postaci ludzi. Pikachu klon proponuje innym klonom ucieczkę, lecz najpierw zamknęli Zespół R w celi. Połowa klonów odpływa, ale zostaje zaatakowana i schwytana przez armię Giovaniego. Z walki zbiegli tylko Pikachu, miał i ich klony. Nagle Mewtwo ratuje skrępowanych przyjaciół i rozpoczyna walkę ze swym stwórcą Giovannim. Lecz człowiek za pomocą dwóch ogromnych maszyn zwycięża. Teraz Giovanni chce aby Mewtwo się do niego przyłączył inaczej ten zniszczy jego przyjaciół. Tyran zaczyna torturować, pokemona a w tym czasie Zespół R buduje nową bazę która może zatruć wodę jeziora!!! Lecz nagle nadlatuje chmara zdenerwowanych Pokemonów Robaków!!! Czy one pomogą naszym przyjaciołom i Mewtwo wygrać z Giovannim i Zespołem R??? Czy uratują krystaliczne jezioro które podobno ma właściwości lecznicze??? Dowiecie się oglądając film!!!