Pokemon Crystal jest podobnie jak Mewtwo Powraca odcinkiem specjalnym. Ten film jest aby każdy z 3 legendarnych psów mógł wystąpić w telewizji. Ten film opowiada o Raikou. Występuje w nim dwoje nowych trenerów: Kenta i Marina. Dziewczyny ulubionym Pokemonem jest Misdreavous a chłopca (Kenta) Typhlosion. Również w filmie jest 3 nowych czarnych charakterów: Basho (Mężczyzna), Bufon (kobieta), Sir Anui (Szef).
Fabuła: Kenta żyjący w Wakabie stał się nowym trenerem pokemon zaczął podróż z, Pokemonami aby zostać Mistrzem Pokemon. Przez przypadek w Pokemon Center spotkał swoją starą przyjaciółkę Marinę. Dziewczyna również podróżuje ze swym Misdreavousem aby stać się najlepszym trenerem Pokemon na świecie. Postanawiają sprawdzić się w walce Pokemon, kto jest silniejszy! Już mieli zaczynać walkę, gdy nagle kulka pioruna uderzyła w Ziemie. Niebo się zachmurzyło, zaczęło się trzęsienie Ziemi i rozpoczęła się burza z piorunami! Wtedy pojawili się Basho i Buson nie zwracając uwagi na to, co się dzieje. To pewnością ich sprawka! Oni zbudowali podziemną bazę w pobliżu Pokemon Center, w którym byli, Kenta i Marina. Oni planowali zbudować system kryształu, który zneutralizuje ataki elektryczne!!! System kryształu emituje śruby elektryczne, które przyciągają elektryczne Pokemony a potem osłabiają je i łapią bez problemu!!! Kenta, Marina i inni uciekają stamtąd do Pokemon Center, lecz nagle Misdreavous poczuł jakieś drania elektryczne, które go porwały. Przyjaciele szybko popędzili za nim. Gdy dotarli na miejsce zobaczyli śruby łapiące pokemony!!! Kenta chciał się rozprawić z Zespołem R, lecz gdy był już blisko duża śruba odrzuciła go do tyłu. Lekki turkot pod ziemią i palące się drzewa mówiły ile szkód naturze wyrządzi Zespół R! Z palącego lasu wynurzyła się jakaś postać, lecz została złapana w sidła. To Raikou!!! Basho, gdy zobaczył, że złapali tego rzadkiego pokemona zaczął krzyczeć i skakać z radości, że złapali legendarnego pokemona i ich plan się spełni. Czy już nie ma ratunku dla świata? Czy ktoś pomoże naszym przyjaciołom? A kto to jest Raikou? Wróg czy przyjaciel??? Zobaczycie tylko oglądając film!!!