Film rozpoczyna się gdy tajemniczy mężczyzna stoi przed kamienną tablicą i recytuje słowa legendy. W chwilę potem słyszymy kobiecy głos - to glos komputera, który przedstawia analizy swych wyników. Mówi o symbolice tytanów ognia, lodu i pioruna występujących w "wierszu". Chodzi tu, jak się domyślacie, o legendarne Pokémony ptaki - Moltres'a, Articuno i Zapdos'a. Osobnik odchodzi od tablicy, zasiada na "windzie" i wyjeżdża na górne piętro swego masywnego statku powietrznego. Następnie rozkazuje komputerowi rozpocząć "polowanie".

Według kompa najbliżej znajduje się Moltres, toteż w chwilę potem kilka olbrzymich armat ostrzeliwuje Wyspę Ognia, na której egzystuje "Pokémon feniks". Gdy cała wyspa zostaje już zmrożona specjalnymi pociskami, z jednej z grot wylatuje Pokémon i rozpoczyna atak. Na tę chwilę czeka tylko Lawrence III, który wyrzuca z pokładu niesamowite "bransolety", które jak pocisk samonaprowadzający, lecą za ptakiem, dopóki nie uwiężą go w polu siłowym. Osłabiony Moltres zostaje uprowadzony na pokład statku. Mężczyzna tym czasem zachęcony powodzeniem pierwszej fazy planu knuje złowieszcze zakończenie - pochwycenie Lugii.

Po tych słowach w glębinach oceanu przepływa coś dużego i ciemnego z błyszczącymi ślepiami, i zaczyna się film ^^. Po krótkim intro daje się słyszeć głos narratora i zza jednej z wyepek wypływa statek, na którym znajdują się nasi bohaterowie. Tracey proponuje uwolnić na jakiś czas Poki, a ponieważ Ash i Misty zgadzają się, po krótkiej chwili "prawie" wszystcy podopieczni płyną lub przesiadują na statku. Za kutrem Marron podąża podwodna łódź Zespołu R. Nagle całe niebo posłania się chmurami, a potężne fale miotają statkiem i Pokémon'ami. trenerzy odwołują Poki do Pokeball'i. W tym czasie łódź Team'u R wpada w ławicę Magikarp'iów.

Sceneria zmienia się na dno morza. Słyszymy tajemniczą melodię i ponownie przepływa przed nami olbrzymi cień. Wracamy do naszych znajomych. Marron zauważa, iż prądy morskie zniosły ich z kursu i znajdują się w samym środku Wysp Oranżowych, nieopodal Shaumuti. Tym czasem Jessie, James'owi i Meowth udaje się wyjść z turbulencji, w jakie wpadli w czasie sztromu. Już wszystko wydaje się być w porządku, gdy nagle Jessie zauważa klif w chwilę potem następuje mała destrukcja łodzi podwodnej Zespołu R.

Znad Wysp Oranżowych przenosimy się do Pallet Town, nad którym przelatuje małe stadko Pidgey'ów. Widzimy matkę Ash'a, która wraz z Mr. Mime'em pracuje w ogrodzie. Nadjeżdża profesor Oak i rozpoczynają konwersację. W tym moencie niebo pokrywa się chmurami. Mime wbiega do domu o ledwo zdąża przynieść i rozłożyć nad głową Delli parasol, gdy spada obfity deszcz. Burza przechodzi równie szybko jak nadeszła, ale zaraz potem zaczyna padać śnieg, co jest już o wiele bardziej dziwne, szczególnie w środku lata. Śnieg poada chwilkę, a zaraz potem ustaje. Nad Alabastią widnieje natomiast zorza polarna. Pidgey'e już w o wiele większym stadzie lecą w jej kierunku. Zaraz za nimi gromada Diglett'ów przemieża przez drogę, porywając przy okazji rower profesora. Oak zauważa, iż dzieje się coś bardzo dziwnego, skoro Pokémony tak się zachowują.

Wracamy spowrotem do Ash'a i reszty. Kuter Marron już przycumował do wyspy Shaumuti. Pikachu wygląda na bardzo zmartwionego.Wtem, Ash, Misty i Tracey zostają otoczeni przez ludzi w maskach. Cała trójka jest bardzo przestraszona, gdy kapitan ich statku - Marron wita się z jednym z zamaskowanych tubylców. Okazuje się, że Marron jest przyjaciółką tej osoby, a właściwie dziewczyny o imieniu Carol. W chwilę potem zostaje przedstawieni towarzysze Marron. Kapitan zauważa, że przybyli w samą porę na Święto Legendy. Przewodniczący całemu przedsięwźięciu wita Ash'a i recytuje mu fragment znany już z początku filmu. Chłopak jest lekko speszony, a zmieszanie potęguje pojawienie się obok niego młodszej siostry Carlol - Melody. Dziewczynie wyraźnie podoba się młody trener. Misty natomiast wygląda na "delikatnie" poddenerwowaną. Ostatecznie nasi przyjaciele zostają zaproszeni do udziału w ceremonii.

Przez chwilę widzimy fragmenty zabawy odbywającej się na wyspie, a następnie wpadamy do domu, gdzie nasi znajomi sporzywają kolację. Misty ciągle pokazuje humory, gdy na scenie pojawia się Melody, odgrywając na flecie znaną nam już melodię. Później podchodzi do Ash'a i objaśnia mu o co chodzi w całym przedsięwźieciu zalecając się przy tym do niego. Musi on zebrać trzy kule z Wyspy Ognia, Wody i Pioruna. Ash ma zamiar wźiąść w tej zabawie udział natychmiast, mimo iż Melody zapewnia, że nie ma ku temu potrzeby. Marron, której podoba się zapał Ash'a oferuje mu transport jej łodźią. Płynąc potrącają wrak statku Zespołu R. Burza wróciła z powrotem. Statek znowu zostaje rzucany jak liść na wietrze. W tym czasie Slowking stoi nad wzburzoną wodą i narzeka na bałagan powstały na świecie. Tylko Pokémony zdają sobie w tej chwili sprawę, że dzieje się straszna rzecz.

Melody, która zaczyna martwić się o Ash'a, decyduje się zabrać statek Marron i popłynąć za młodym trenerem. Misty i Tracey decydują się pójść z nią. gdy przebiegają przez port, z wody wynurza się Zespół R, który najwyraźniej ma kolejny plan. Łódka Carol mknie po wodzie bardzo zręcznie. Zespół R tym czasem chowa się pod płachtą przykrywającą łódź ratunkową.

Odwiedzamy z powrotem statek Lawrenca III, który jako kolejny uświadamia sobie co dzieje się z całą planetą. Nie przejmuje się tym jednak. komputer pokazuje, co stało się z harmonią świata. Zapdos, mający największą siłe zaczyna znacząco dominować nad naturą świata. Scenografia ponownie się zmienia. Teraz wraz z pozostałymi na wyspie Shaumuti patrzymy na zmiany zachodzące na świecie. Również profesor Oak, który rozmawia z profesor Ivy zauważa, że dzieje się coś niedobrego. W wiadmościach infomują o podwodnej rzece (prądzie morskim), która płynie w okolicach Wysp Oranżowych, a jej bieg nagle został zmieniony.

Niebo wygląda na koniec burzy, jednak morze ciągle jest wzburzone. Ash, Pikachu i Marron niesieni przez potężne fale, loądują na Wyspie Ognia. Statek nie rozleciał się ale jest w kiepskim stanie. Pikachu wbiega na schody prowadzące na wzniesienie położone na wyspie, a Ash biegnie zaraz za nim, zostawiając Marron samą. Wracamy teraz zowu na morze, gdzie łódź Carol prowadzona przez Melody, ma niemniejsze kłopoty co kuter Marron wcześniej. Dziewczyna jednak zna się na pilotażu i po sprawnej akcji łódka "cumuje" na skale zaraz obok kutra Marron. Zapomniał bym dodać, że przy okazji Zespół R opuścił pokład. Dzieciaki dowiadują się od Marron, że Ash pobiegł na górę, więc Melody wyciąga żagiel i korzystając z silnego wiatru "wyjeżdża" po schodach na szczyt góry.

Lawrence III podziwia swe pierwsze trofeum i przygotowuje się do pochwycenia Zapdosa. Trener z Alabastii biegnie wciąż na górę, gdy zza skały wynurza się Zespół R. Ash dobiega do celu i przy pomocy Pikachu wyciąga pierwszą z kul, tamta zaczyna nagle płonąć w jego dłoni. Pikachu pośpiesza Ash'a ale na jego drodze staje Zespół R. Już, zdaje się rozpoczną walkę, gdy na wyspę "wślizguje" się kuter Carol. Bohaterowie prowadzą przez chwilę śmieszną konwersację. Moment później na wyspie ląduje majestatyczny Zapdos. Pikachu nawiązuje z nim rozmowę, którą tłumaczy Meowth.

Zapdos zaczyna miotać błyskawice,gdy wtem cała elektryczność zostaje zaabsorbowana przez statek Lawrenca III. Gdy Zapdos traci moc kolekcjoner wyrzuca magnetyczne bransolety, które prócz Pokémon'a łapią również naszych przyjaciół. Szaleniec tym czasem jest coraz bliżej swego celu. Ponownie widzimy Lugie. Komputer tym czasem informuje Lawrenca o pochwyceniu czegoś więcej. Melody przeczytała fragment legendy umieszczonej w gablocie, gdy "winda" z Lawrencem zjechała na dół. Właściciel statku przywitał naszych znajomych, opowiedział swą historię, a następnie wypuścił z klatki, w której byli zamknięci. komputer poinformował go o zbliżaniu się ostatniego Pokémon'a - Articuno. Lawrence odjechał na górę zostawiając wszystkich lekko skonfuzjowanych. Melody zaczyna kojarzyć fakty z legendą. Tym czasem ostatni, lodowy tytan sieje zniszczenie na świecie.

Przenosimy się ponownie na Shaumuti, gdzie mieszkańcy śledzą uważnie wszystkie wiadomości. Pokazane są najpierw wodne Pokémon'y, poźniej latające, a na końcu lądowe, wszystkie one zmierzają do jednego punktu - Wyspy Shaumuti. Reporter przebywa obecnie w helikopterze, w którym oprócz niego lecą też profesorowie Oak i Ivy, a także mama Ash'a. Oak objaśnia co stało się z naturą. Wszystkie moce trzech Pokemonów utrzymują w harmonii płynącą pod wodą rzekę. Jeśli choćby jeden z ptaków zostnie złapany itp. cała harmonia świata zostanie zakłucona. P. Ivy natomiast wyjaśnia, czemu Pokemony tak licznie zmierzają w tamtym kierunku. Teraz widzimy Slowkinga, który otrzepuje się z gęstego śniegu.

Gdy burza śnieżna ustaje widzimy ponownie Articuno siejącego zniszczenie. Wracamy na statek Lawrenca. Melody wyjaśnia znaczenie legendy i przyjaciele postanawiają uwolnić więźione legendarne ptaki. Lodowy tytan zbliżył się do fortecy. Tym czasem nasi przyjaciele próbują przebić bariery trzymające ptaki na uwięźi. Po zjednoczeniu sił udaje się Pokémon'om Ash'a zniszczyć klatkę Moltresa. Ten z kolei uwalnia Zapdosa. Następnie ptaki wylatują na zewnątrz i rozbijają statek Lawrenc'a. nasi znajomi nie wiedzą jak uciec. Pojazd rozbija się na Wyspie Pioruna. Cała siódemka plus dwa Pokémon'y jakimś cudem opuszczają wrak. Biegną ile sił mogą, gdy Ash upada, a zaraz koło niego ląduje druga kula. Legendarne ptaki przypuszczają atak, jednocześnie walcząc między sobą. Łódź Carol również wypadła z latającej fortecy. To właśnie dzięki niej przyjaciele uszli z życiem. Resztę zawdzięczają Lugii, która tworząc olbrzymi wir wodny zanosi ich na wyspę, gdzie egzystuje Slowking.

Pokemon rozkazuje Ash'owi umieścić "skarb" we właściwych miejscach posągu. Zauważa jednak, że brakuje jenej kuli. Tymczasem do wyspy zbliżają się Legendarne Ptaki. Już mają udeżyć swymi atakami w Ash'a gdy ponownie pojawia się duży wir, a z niego wyłania się swięty strażnik - Lugia. Lawrence III również go zauważył. Zapdos, Moltres i Articuno przypuszczają zgrupowany atak na Lugię. Po krótkiej walce Lugia zdaje się mieć przewagę. Tylko chwilowo, gdyż w końcu ulega i wpada do morza. Sytuacja nie wygląda najlepiej. Helikopter z reporterami i profesorami podąża nad Wyspy Oranżowe.

W tym czasie wszyscy na wyspie uświadamiają Ash'owi, że tylko od niego zależą losy świata. Po krótkiej rozmowie Melody zaczyna grać na flecie melodię, którą wydawała Lugia. Zdaje się, że przywróciła ona siły morskiego Pokémon'a. Wszyscy przyjaciele pomagają chłopcu uwierzyć w siłę. Ash w końcu decyduje się na pomoc.

Charizard, Bulbasaur i Squirtle ciągną "sanie" w których siedzi Ash i Pikachu, podążąjąc na Wyspę Lodu po ostatnią kulę. Lugia osłania ich przed atakami 3 ptaków. W tym czasie helikopter wiadomości rozbija się na drugim końcu wyspy. Zespół R wpada na genialny pomysł. W końcu lód, po którym był ciągnięty Ash zostaje zniszczony. Wszytsko wydaje się stracone, gdy pojawia się Zespół R w zmontowanym przez nich skuterze. Parę chwil później cała grupka siedzi w pontonie z silnikem, pędząć na Wyspę Lodu. Po kilku chwilach docierają na miejsce, Ash zabiera kulę, ale ptaki znowu pomieszały jego szyki. Droga powrotna została przywalano gruzami lodu. Na to też jest sposób. Cała brygada zaczyna zbiegać po zboczu góry.

Articuno zostaje pokonany przez współtowarzyszy. Tym czasem Ash, Pikachu i Zespół R zostają zabrani na grzbiet Lugii. Team Rocket uświadamia jednak, że przeszkadzają w locie "Strażnikowi". Puszczają się łapy tyana i spadają wprost do wody. Lugia szybuje teraz z Ash'em, wyjaśniając mu co robią olbrzymie stada Pokémon'ów, które zebrały się w okół wyspy. "Tytan" niemalże doleciał do celu, gdy z wraku latającej fortecy zostają wystrzelone bransolety, które więżą Lugię. Ta niszczy pozostałość po statku Lawrenca HYPER BEAM'em, a następnie wpada do wody razem z Ash'em. Melody decyduje się wyłowić Ash'a, lecz Misty powstrzymuje ją. To liderka z Azurii mu pomoże. Przepływając przez lodowatą wodę, przy pomocy Tracey'go wyciąga Ash'a. Po krótkiej chwili chłopak dochodzi do siebie i rusza do posągu, gdzie ma umieścić ostatni skarb. Kula umieszczona w monumencie zaczyna świecić i wraz z pozostałymi czyni cudowne rzeczy. Z posągu zaczyna wypływać zielona woda, która zamienia pobliskie kamienie w kryształ. Śnieg na wyspie topnieje. Teraz kolej Melody, która zaczyna grać na swym flecie melodię Lugii. Legendarne ptaki odzyskują siły i wznoszą się w powietrze, jednak teraz nie sieją już zniszczenia. Zielona woda wypływająca z posągu wlewa się teraz do oceanu i po pewnym czasie wszystko w naturze wraca do normy. Z wody wynurza się Lugia. Podlatuje na wyspę i zaprasza Ash'a na swój grzbiet. Następnie lecąc nad morzem Lugia podnosi podwodną rzekę, dzięki czemu płynie ona nad wodą. Wszyskie Pokémon'y wracają do "domów". Każdy kto obserwuje to zjawisko jest zadziwiony. Po krókiej chwili rzeka wraca na swe miejsce, a Legendarne ptaki na wyspy. Melody przestaje grać i pada z wyczerpania na kolana. Udało się ! Świat został uratowany.

Po ciężkim dniu, przy zachodzącym słońcu nasi przyjaciele żegnają Lugię. Ta dziękuje jeszcze raz Ash'owi za pomoc, a następnie wpada do morza. Pojawia się natomiast mama Ash'a. Początkowo trochę zła, ale później uspokojona prosi swego syna, aby następnym razem ratował świat trochę bliżej domu. Profesor Oak zarządza powrót do Alabastii. Pikachu wskakuje na ramię Ash'a i obydwaj uśmiechają się do siebie. Lawrence III stoi przy wraku swego statku i podnosząc z ziemi kartę z Mew coś sobie uświadamia. Zespół R tymczasem wyczerpany i zmęczony wraca na wyspę Slowiking'a. Są zdruzgotani, że nikt nie widział ich dobrych uczynków, jednak Slowking uspokaja ich, mówiąc, że miliony ludzi to widziało. Cała trójka początkowo szczęśliwa, później zmienia zdanie.

Ash, Misty i Tracey żegnają się z przyjaciółmi i płyną dalej tym razem na Lapras. Kapitan Maren zostaje trochę dłużej na Shaumuti, ale później także odpływa. To była wspaniała przygoda dla każdego z nich a w szczególności dla Ash'a, który nigdy jej nie zapomni.